系：
- 生物学系
- 生物化学系
- 细胞生物学系
- 遗传与发育生物学系
- 免疫与微生物学系
国家重点实验室：
国家工程中心：
国家级教学示范中心：
教育部重点实验室：
教育部批准设立的研究机构：
国家地方联合工程实验室：
福建省批准设立的研究机构：
厦门市批准设立的研究机构：
校批机构：
系：
国家重点实验室：
国家工程技术研究中心：
教育部批准设立的研究机构：
国家药监局批准设立的研究机构：
中国医学科学院批准设立的研究机构：
福建省批准设立的研究机构：
厦门市批准设立的研究机构：
- 厦门市生物药物工程技术研究中心
- 厦门市分子影像工程技术研究中心
- 厦门市医学分子病毒研究中心
系：
教育部批准设立的研究机构：
福建省批准设立的研究机构：
- 福建省药物新靶点研究重点实验室
- 福建省靶点新药行业技术开发基地
- 福建省核受体药物工程研究中心
- 福建省药学人才培养创新实验区
- 福建省药学实验教学示范中心
- 福建省药学虚拟仿真实验教学中心
- 福建省高等学校“癌症表观遗传学”科技创新团队
厦门市批准设立的研究机构：
- 海洋活性物质功能
- 质量和安全性评价技术平台
- 厦门化学创新药研发平台
- 厦门市代谢性疾病重点实验室
- 厦门市手性药物重点实验室
- 厦门市瘤细胞与分子诊疗重点实验室
- 厦门生物医药协同创新中心
- 厦门市靶点新药工程技术研究中心
- 厦门市林下中药资源工程技术研究中心
- 厦门化学创新药研发重大平台（技术支撑单位）
系：
教学部：
福建省批准设立的研究机构：
- 福建省眼科与视觉科学重点实验室
- 福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室
- 厦门大学抗癌研究中心
- 福建省基础医学实验教学示范中心
- 福建省药学实验教学示范中心
厦门市批准设立的研究机构：
- 海峡（厦门）中医药科技平台
- 厦门市手性药物重点实验室
校批机构：
- 厦门大学眼科研究所
- 厦门大学消化疾病研究所
- 厦门大学器官移植研究所
- 厦门大学附属中山医院
- 厦门大学附属东南医院
- 厦门大学附属厦门眼科中心
- 厦门大学附属东方医院
- 厦门大学附属第一医院
- 厦门大学附属成功医院
- 医学院教学实验中心
- 中医药研究中心
附属东方医院
附属成功医院
